Samostatně koncertuje doma i v zahraniční od roku 1979 a během své koncertní dráhy vystoupil ve většině evropských států a v USA. Jan Kalfus často spolupracuje s významnými soubory a orchestry např. Kühnův dětský sbor, Bambini di Praga, Česká filharmonie, FOK a Symfonický orchestr Českého rozhlasu. Stejně tak je i vyhledávaným partnerem sólistů např. Roman Janál, Yvona Škvárová a další. V roce 1994 společně s Pavlem Kudeláskem a Pavlem Vernerem založil Stamicovo trio ( housle, violoncello a cembalo), které se věnuje interpretaci převážně skladeb barokních mistrů.
Od roku 1988 je Jan Kalfus pedagogem na varhanním oddělení Pražské konzervatoř a současně působí jako varhaník v kostele sv. Antonína v Praze.
Ve svém repertoáru má díla od baroka až po soudobou hudbu, zvláště pak díla českých skladatelů.